孩子们的仁慈堪萨斯城解决独特的儿科癌症的复杂性

最初发表在Illumina公司新闻中心

“儿科医生说孩子不是大人,和因此,儿科癌症不仅是成人癌症的微型形式,“说Midhat Farooqi,医学博士,博士,分子肿瘤学主任基因组医学中心孩子的慈爱堪萨斯城在密苏里州。历史上,较少关注和专业知识一直在致力于研究癌症的儿童比成人,但孩子的慈爱是帮助领导努力改变这种状况。

从其卑微的在1897年只有一个床上,医院已发展到390年住院病床和16的位置。有14345儿童入学的2022 - 60%的患者不到10年岁前往医院与家人从美国所有50个州。

孩子们的仁慈也追求前沿研究。在2015年,它建立了儿童慈爱研究所成立,由汤姆·柯伦博士FRS,高级副总裁,执行董事、首席科学官和唐纳德·j·霍尔在儿科研究著名学者。研究所支持推出雄心勃勃的计划像基因组回答孩子(GA4K),由汤米•Pastinen医学博士迪里昂/密苏里赋予椅子在儿科医学基因组。

这个项目的目标是序列30000名儿童和他们的父母,和它只是通过了里程碑提供超过1000家庭罕见疾病的诊断;它主要处理例罕见的遗传性疾病,但是,正如Farooqi指出的那样,“儿科癌症也是一种罕见的疾病,”和程序招收癌症患者。

目前,医院正在进行137研究和试验其中-49在肿瘤学和开发数据库是研究的关键。艾琳的客人,在2017年,医学博士,主任儿童慈爱癌症基因组项目,和亚历山大kat,医学博士,主任Nephropathology和移植病理服务,建立了一个儿科肿瘤生物存储实体瘤和白血病样本。188bet上不了现在这个生物研究所的一部分CAP-accredited Biorepository,这是由约翰·大卫·诺兰,医学博士,博士,部门的主席病理学和实验室医学。

到目前为止,超过500病人登记Farooqi和他的团队已经进行了全基因组whole-exome测序的200人。孩子的怜悯,这是小儿联盟伙伴堪萨斯大学的癌症中心,被授予国家癌症研究所的资助来分享这基因组数据的一部分儿童癌症数据倡议。Farooqi解释说,“在全国范围内收集和共享数据,对儿科癌症是非常重要的,因为这些数字要低,可以把几年的大学注册12个孩子一个肿瘤类型,而对于成年人,比方说,相同数量的情况下,可以在一个月内累积。如果我们一起工作,我们可以积累更多的罕见肿瘤类型在儿科。”

儿科癌症不同于成年人如何?

• 儿童癌症是罕见的,这使得研究更加困难。
• 儿科癌症患者的基因突变不同父本相比,在相同的肿瘤类型。
• 儿科癌症通常由比基因突变基因融合,需要不同的靶向治疗的发展。
• 年轻的病人,化疗的副作用可能会影响到他们。

不仅研究和诊断的癌症与孩子不同,但他们的治疗更为复杂,考虑多少他们的生活的日子还在前头。这在很大程度上提高了赌注。“非个性化,一般为所有细胞化疗是一种毒药,“Farooqi警告说。“这首先打击癌细胞,因为他们是分更快,但正常细胞也受到影响,导致副作用,有时甚至二次癌症从最初的治疗本身。我们必须考虑到癌症治疗后,孩子们未来更长的寿命,所以开发精确治疗,没有在儿科脱靶效应更重要。”

Farooqi工作在实验室与临床实验室助理主任Lisa Lansdon博士帮助团队寻找临床可行的变体。动机源于她第一次接触儿童罕见的疾病和儿科癌症:当她在小学的时候,一个朋友被诊断出患有一种遗传性血液疾病称为Diamond-Blackfan贫血。”他最终去世后六年级发展中白血病,”她说。“这是一个非常敏感的经历对我来说,和我知道遗传学是我想的土地。”

Farooqi,灵感来源于个人的连接。当他在他的住处,他的祖父被诊断出患了癌症。“让我看到为肿瘤基因测试的价值,”他说。“因为我们发现的其中一件事是,每个病人的癌症是独一无二的,有很多,很多不同的道路,一个细胞可以成为肿瘤细胞。找出哪个路径,可以产生非常大的影响的诊断,预后和治疗每个病人与癌症。”

为什么孩子得癌症?

在大多数情况下,这个问题的答案是未知的。相对于成年人,孩子们有更少的接触环境毒素和更少的时间积累“体细胞突变,”通常发生在出生后,会导致癌症。我们知道,10% - -15%的儿童癌症发生由于predisposition-they携带“生殖系突变,通常在怀孕时继承自父母,让他们一生中患癌症的风险更高。然而,这是没多大区别的成人癌症源于遗传突变,这被认为是5% - -10%。总的来说,还需要更多的研究来回答这个问题。

一个新的外显子组对患者进行测试
最近,孩子的慈爱发起了一项临床exome-based测试新诊断或新儿科肿瘤复发患者。基因组医学中心的帽,CLIA-certified实验室运行exome-based测序的样品测试300×覆盖病人的肿瘤组织和健康组织(也称为肿瘤/正常测试),分析前体细胞变异,后者生殖系变异。

这样做配对肿瘤/正常测试的优点是,它讲述了临床团队特定变异存在于肿瘤健康组织也有变异,那么病人的血亲关系可能受益于被测试。“否则,对于一些变体你总是有这个问题,“这是在生殖系变异?’”Farooqi说。”,如果你想目标只在肿瘤基因突变,那么它有助于绝对确保变异体细胞。”

一般来说,大多数成年参考实验室往往做大量tumor-only测试。一些学术机构和商业实验室会成对肿瘤/正常测试,但它比规则例外。儿童慈爱测试同一屋檐下和还提供配对生殖系变异报告,由于一个非常支持临床组,医院管理和堪萨斯城的慈善团体。188bet网址怎么打不开

“我们很幸运血液学/肿瘤学集团的支持下的方向Alan Gamis医学博士英里每小时,病理学和遗传学部门,由卡罗尔·桑德斯博士”Farooqi说”和金融Black & Veatch等当地基金会的帮助,大浮油,布莱登希望儿童癌症,以及其他许多人。加上,我们医院的慈善事业部门和高级副总裁布莱恩·奥尼尔盟军的健康PharmD, MS,创建了一个框架,以确保儿童怜悯没有病人需要支付的口袋里测试,这是惊人的!”

一个光明的未来
Farooqi,他在2016年加入医院,兴奋是提供exome-based测试更快的周转方式的操作和共享数据研究的机会。本质的“时间就是我们的癌症患者,所以有加速功能配对tumor-normal实时分析临床,加上变体的准确性要求,使我们的集成NovaSeq 6000 Illumina公司连接软件我们工作流程的关键,”他说。”,因为我们已经奠定了基础,我现在最兴奋得到增长计划提供更多的研究见解和临床测试非常感兴趣的序列数据分析微卫星不稳定性和肿瘤突变负担,以及药物基因组学,看变异可能影响化疗药物的剂量。”

“我们可以看到了未来的道路,“Lansdon补充道。“我们将能够开发额外的测试,我们可以层之上,获得更好的洞察力,给临床团队的最新最好的信息。我们有一箩筐一英里长的所有我们可以做的事情在这个未来的愿景,这就是超级令人兴奋,因为这意味着它不会停在这里与我们的新临床外显子组测试。对我们来说,这真的只是一个开始。”

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