让它生长:一个植物的DNA数据库,一次一个物种

让它生长:一个植物的DNA数据库,一次一个物种

日本的Kazusa DNA研究所领导着收集植物基因组并使所有人都可以使用的努力
2022年1月24日,星期一,上午10:15

活动:环境

内容:文章

植物可能是地球上的凡人,但在互联网上,它们可以永久存在。

那是背后的愿景植物花园,一个收集植物基因组的在线数据库。植物遗传学家兼Frontier研究与发展部实验室负责人Sachiko Isobe说,其他数据库已经存在,但旨在研究人员。Kazusa DNA研究所在日本。另一方面,植物园希望吸引科学家和行业参与者,以及对植物及其遗传构成感到好奇的教育者和个人。

“我认为,基因组信息的使用将来会扩展到更多领域。因此,我们开发了一个具有用户界面的数据库,该数据库允许初学者在存储专家想要使用的高级信息的同时轻松访问数据。”她说。

隶属于植物园项目的研究人员正在考虑将植物基因组用于植物科学中的各种应用。各种各样的植物条目还将使数据库成为有价值的教育工具,并有助于了解生物多样性以及单个植物如何在植物群落中相互作用。

Isobe博士说:“尽管数据库仍处于起步阶段,但我们希望将其作为一种可用于学校教育的工具。”“例如,孩子可以轻松表演爆破他们感兴趣的核苷酸序列的分析。”

Kazusa DNA研究所成立于1994年,是世界上第一个专门研究DNA研究的研究中心。该研究所是基因组研究的领导者,在医疗保健,农业及其他地区的应用。

由于全基因组测序加速了,Kazusa的研究人员希望使他们从植物中收集的大量信息更容易获得。在Kazusa,Isobe和她的同事有兴趣研究和测序开花植物或具有多种基因组大小的被子植物,范围从100兆瓦到150千兆单行。植物通常含有两组以上的染色体,这也使测序具有挑战性。

当伊索贝和她的同事们听说Illumina Dragen™Bio-IT平台,他们渴望在其设施中实施它。龙不仅能够以1/40作为常规方法的时间进行测序,而且同样准确。Isobe说:“通过这种更快的分析,我们现在可以在植物园中发布更多信息。”

对于Isobe和她的同事,Illumina提供了一种新的解决方案,以克服他们在编译植物基因组中遇到的许多挑战。借助龙,Isobe和她的同事能够识别新的变体并研究其在各种植物物种中的表达和功能。

目前,植物花园拥有120多种植物物种的信息,包括杜鹃花,无花果树,daikons和韩国栗子。该数据库还收集了同一植物的多个完整基因组,以捕获可能存在的突变的多样性。

Isobe说:“获得不同生物体的基因组序列很重要,但是,数据管理平台也变得很重要。”“我们想为植物基因组科学家和打算解决世界粮食生产问题和环境问题的人们提供一个用户友好的平台,以调查和了解植物多样性。”

类别: 创新与技术