普罗维登斯分子基因组学实验室利用Illumina公司技术提供基因组学

在未来,如果你可以序列由成千上万的癌症患者,提供答案更快,并提供更有效的治疗和护理常规的基础上更好?为普罗维登斯,美国的第三大非营利性卫生系统,未来是现在。

在普罗维登斯分子基因组学实验室,是整个卫生系统普罗维登斯,卡洛Bifulco是医疗主任负责管理普罗维登斯基因组学。他在2008年参加了波特兰队的米兰,耶鲁大学,纪念斯隆凯特林,画的普罗维登斯率先immuno-oncology (IO),一个医学领域,使用身体的免疫系统对抗癌症。与快速增长的团队现在的病理学家和bioinformaticians人员,实验室正在成为美国最大的临床基因组学操作。普罗维登斯成立于1859年,由51 1085医院和诊所在七个西方国家从阿拉斯加到德克萨斯州。

普罗维登斯分子基因组学实验室提供基因组学。他们运行两个Illumina公司NovaSeq™6000仪器不断”。“他们执行全面的基因组分析(本金保证产品)使用新一代测序来评估数以百计的癌症生物标记从众多的肿瘤类型在一个测试。普罗维登斯的本金保证产品服务,被称为癌症基因组分析程序患者指向目标或免疫疗法,可能没有被确认通过单基因测试或面板。

为了使基因组本金保证产品测试、普罗维登斯Illumina公司的实现500年TruSight™肿瘤学两年前(500年TSO)测定内部。TSO 500是一个研究只使用综合pan-cancer试验旨在分析523个基因和基因签名,覆盖肿瘤生物标志物与指南和临床试验。TSO 500评价DNA和RNA从肿瘤样本识别关键基因code-critical体细胞变异或者改变癌症发展和进展,如DNA变异小,融合,拼接变体。

尽管这种技术的出现,我们仍然生活在大多数肿瘤都没有排序的时候。幸运的是,Bifulco没有麻烦销售癌症分析程序普罗维登斯的权贵。“这实际上是由临床需要,Bifulco说。“如果你认为的本金保证产品是竞争,非常小的面板的基因或序列类测试的,你做一个基因测试,这些选项都是过时了,坦白地说,当你可以测试对数百个基因和生物标志物。他们不是真正的病人护理的肿瘤学家希望看到什么。”

验证测试in-house-in句话说,证明其在交付结果的准确性和重现性不困难,要么,因为他们已经全外显子组和小面板启用验证数据集。“这是一个相对简单的过程,因为我们可以作为支柱,“Bifulco说。“这有点不寻常的途径。”

的挑战——他相信这是他们greatest-has跟上增加销量和所有的信息和数据。

“我们每天都有所不同,我们看到它在每一个级别。“是。卡洛•Bifulco医疗主任,普罗维登斯分子基因组学实验室

节省时间和组织
他们正在取得进展在周转时间,或答。最小化成本与分子测试,实验室通常会执行一个单基因或小板测试,等待第一个阴性结果,然后第二轮,如果是负的,第三轮。有时,病理学家必须回到一个幻灯片,或回到组织(那时可能破坏或消耗),或回到病人更多的样品。这种零敲碎打的方式耗时,需要至少三个星期。使用综合方法,普罗维登斯的目标是10个工作天乙,剃须至少一周如果不是很多公司更可以当癌症是先进的表现至关重要。

除了消耗时间,传统的方法使用组织和Bifulco已经在这方面有了很大的改善。本金保证产品是特别有用,当活检样本很小或肿瘤是一个难以接近的位置。“如果你订单顺序测试,你可能不会得到你想要的测试,因为组织在多个尝试已经完全耗尽的单基因测试一次。最终的结果是,即便结果是不可能的。这是相当常见的非常小的样本有情况没有组织剩余的测试是必要的。本金保证产品完全阻止这样的场景。”

窗外扔标准
起初,Bifulco的实验室优先那些癌症是先进或者这种肿瘤本质上是要表现得很积极。然后每个人都收到测试与转移性疾病。然后患者肿瘤类型像大脑或pancreatic-where minimal-received本金保证产品治疗方案,独立的阶段。“然后我们给临床医生的选项,使其适用于任何肿瘤独立于任何一种标准。我们发现一些临床医生已经接受运行它。”

普罗维登斯不仅提供基因组本金保证产品测试——他们正在改变任何人和每个订单如何以及何时他们交付它。“这些测试是传统上下令肿瘤学家在传统治疗方法不适用了,”Bifulco解释道。“他们通常做当人们转移或者拥有先进的疾病和化疗基本上不再是一个选择。在那个阶段,人真的寻找靶向治疗和个性化医疗方法。我们的目的是提供本金保证产品在第一个肿瘤的迹象,就承认的病理学家。我认为这对病人护理的方法将是一个改变游戏规则。“Bifulco提供基因组本金保证产品测试的理想情况是每一个人,与任何类型的癌症,独立的阶段,尽可能早地。中期业绩从一个正在进行的研究表明,基因组本金保证产品测试提供了可操作的结果超过一半的患者进行测试。

普罗维登斯现在已经运行基因组本金保证产品测试大约10000名患者。“最大的一个价值观的本金保证产品相比,单基因或小面板测试与一个叫三甲的生物标志物,肿瘤突变负担,“Bifulco说。三甲被定义为每百万基地non-inherited基因突变的数量研究基因组序列和癌症的标志,启用了下一代测序。从一个小面板“三甲序列的定义是不可能的,因为你需要足够的肿瘤基因组精确计算三甲。患者高三甲已经被证明能够受益于某些类型的IO疗法,所以评估三甲免疫治疗方法大量的可行的选择。”

以前,黑色素瘤和肺癌是两个主要的肿瘤类型,病人就有资格获得IO。但是现在证据表明许多肿瘤类型的患者可能受益于IO治疗是否有很高的三甲。“我们可以看到高跨多个肿瘤类型三甲,“他说,引用膀胱和神经内分泌肿瘤为例。

诊断的影响
“我们每天都有所不同,我们看到它在每一个级别的治疗水平,符合人们的疗法,从来没有给病人。我们也看到对诊断过程产生影响,”他解释说,引用场景基因组发现纠正之前的诊断和完全改变了。最后,他们看到一个对肿瘤分期的影响。当病人有多个肿瘤,它并不总是容易看到他们之间的关系。它是许多独立肿瘤在早期阶段,转移或相同的肿瘤类型,这将作为后期的癌症分类?“本金保证产品提供更准确的信息,成为一个真正的关键病理工作流。”他回忆说几个肿瘤学家表现出惊讶,当这种类型的全面测试逆转形势十分严峻但说我们还需要扩大识别的实用程序的测试。

“我认为这是一个遗憾。我经常感觉测试就像二等公民。人们关注治疗链接,我们花上数百万美元把原来的疗法,但我们非常便宜在测试方面,我认为我们是本末倒置。测试是真的司机。”

“我看到我们站在一个新时代的边缘,我们很难想象10年或20年前。我们期待非常激动人心的时刻。”-Dr. Carlo Bifulco, Medical Director, Providence Molecular Genomics Laboratory

建立一个生态系统
“我们已经在正确的方向上迈出了第好步骤,但是您还需要构建一个生态系统,使本金保证产品测试,“Bifulco说。这意味着建设意识,培养医生,匹配病人试验,改变还款模型。

一旦发生这种情况,它将更容易提供更好的测试和护理除了本金保证产品测试。“事情非常孤立的正确的病人如今手中的一个肿瘤,没有好办法总这些大数据集以一种动态方式。“肺癌患者表皮生长因子受体突变可能对表皮生长因子受体抑制剂几年。但是如果有复发或阻力,可能有一个阶段的人将受益于一个临床试验。这个想法,他说,是使用机器学习识别事件进展的自动和实时电子病历(EMR)系统。这将发生在非常大的群所有病人,然后系统将动态与普罗维登斯的基因组数据集。每次一个病人的疾病进展,他们会知道潜在的试验可以适用于病人。

展望未来,Bifulco想超越当前tumor-only方法,增加了他所谓的“层本金保证产品。“他们想要提高评估肿瘤微环境的需要进行图像分析和数据集成。他们会观察RNA层,甲基化层,做所有这些事情的全基因组测序。“不可避免的我们会有更深层次,更系统地整合基因组学在我们检查的患者,常规应用。当他们经过治疗,我们会做常规综合监测的病人通过基因组工具,如液体活检,并做适当的分析交互。你将会看到这个在规模和常规。我认为这将是有成本效益的和可能会严重影响结果。这只是一个时间的问题。”

与基因组学”我们真的有机会转移肿瘤的尺度和方法积极主动,个性化的病人护理。我看到我们站在一个新时代的边缘,我们很难想象10年或20年前。我们期待非常激动人心的时刻。”