跟踪COVID-19与灰尘在俄亥俄州立大学
校园实验室灰尘真空袋了解序列变异和病毒载量SARS-CoV-2和其他病毒
2022 / 3提单媒体/ 10月18日—COVID-19出现之时,大多数的俄亥俄州立University-home七叶树州首府的Columbus-shut下来。但是,应用微生物学实验室(ASML)在其服务188bet上不了传染病研究所(伊迪)保持开放。
“七叶树是很了不起的学生,”赛斯说信仰,人作为微生物科学中心的执行董事和战略联盟官伊迪,也监督实验室。“很多人饥饿的和热情的。至少有一个人工作在实验室对家庭在武汉,中国,他们没有见到家人了两年。他们想要解决这一流行病的一部分。”
在未来两年左右,实验室AMSL雇用了88名工人在不同时期,管理超过850000 COVID-19 PCR诊断测试,平均周转时间8.75小时。
与此同时,一个名叫卡伦的俄勒冈州立大学教授Dannemiller已经进入家庭和企业寻找建筑环境的有毒化学物质。她也看着微生物,否则可能会导致过敏或影响人类健康。
在2020年的秋天,Dannemiller和她的团队进入隔离房间校园,学生COVID-19阳性在哪里逗留7到10天。他们在研究协议,看看是否能找到建筑环境的冠状病毒。的确,通过PCR检测,Dannemiller和她的团队发现,最高负荷的冠状病毒存在于真空袋收集从打扫这些房间的地毯。
“我们可以进入任何房间,任何建筑,地板,并且知道特异性。”- Seth Faith, Infectious Diseases Institute
收集灰尘
信仰与呼吸道病毒解释说,一个人呼吸粒子周围的土地空间,不一定进入空调系统:“生物材料具有与其相关联的一个电荷积累。这就是灰尘。病毒纠缠在这方面,我们可以发现它与实验室技术。”他伸出Dannemiller并建议让她实验操作。“我们优化的协议。我们变得更加敏感。我们使它更有效,更具流线型,然后找到一种方法来帮助报告数据。”
每周他们进行了PCR检测,测量的相对兴衰病毒水平从灰尘收集不同楼层的战略选择的校园建筑。但是信心想把测试更进一步。他提议他们产生病毒的序列信息理解不仅仅是病毒载量水平但变异出现在校园里。所以他的基因组学团队修改现有COVIDSeq议定书的NextSeq2000s环境样品和生产完全解决全部SARS-CoV-2基因组灰尘。果然,当水平ο变体在他们的学生人数上升,他们发现同样的模式出现在尘埃。
“十四层楼高的建筑就像一个图书馆,“信仰解释道。“你希望病毒普遍在哪里?大多数人想大厅。这不是我们的数据显示。大厅有一个低水平的病毒载量,和最高水平是人们长期的时间,而且可能揭露。“他们现在有很多数据在大学时所需的面具,它表明,学生得到舒适,甚至吃了在该研究领域更有可能把病毒放到环境中,实验室检测。
俄勒冈州立大学有greenlight每周样本收集资金从战略网站通过2023年夏季和实验室处理。“这将极大地帮助我们,因为所有人来测试是自愿的。我们有一个巨大的损失数据。我们从测试每天近10000人测试,所以我们不知道校园分布。卫生监测是填补这一空白。”
信仰是高兴序列信息可以通过有针对性的但非破坏性的方法。因为他们使用的废物流,他画了一个与废水监测。“真空吸尘器袋就扔到垃圾桶里。现在我们已经找到一种方法来把垃圾和给人们公共卫生数据。”
信仰还计划增加流感测试的项目范围。2021年,Dannemiller赢得了NIH资助建立冠状病毒和流感测试在哥伦布小学。
他们的其他项目中,AMSL最近收到了700000美元的赠款继续测序废水样本60岁以上污水处理厂和10俄亥俄大学和全国污水监测系统提交数据。
照片:俄勒冈州立大学学生与诺亚Kayafas奥斯汀Shamblin,专职技术人员和俄勒冈州立大学的校友;两位联席尘埃项目。
数据对公共卫生和更大的利益
“每一次爆发,我们需要某种基因技术来管理它,“信仰说。“整个未来的病原体诊断是测序based-hands下来。”他设想未来当机场或饭店使用粉尘监测,以确保公共卫生的安全。
同时,信仰是兴奋地准备未来,他的学生和AMSL提供的机会。“我不熟悉任何学生有经验使用仪器价值一百万美元或处理的数据集,tb大小。“他计划专注于帮助学生获得生物信息学的技能。“Illumina公司使得测序可访问到每一个人。第一步是在实验室side-anyone可以使数据NextSeq。但是现在我们希望学生能够分析和报告大型数据集。
“俄勒冈州立大学成立以来作为工程和贸易学校,150年他们已经找出如何训练人们在俄亥俄州的行业。福特和本田都有一个大的存在,和我们工程学院也在寻找一个很好的工作机会的学生与汽车行业和解决问题。但现在生物技术爆炸。我觉得生物工程的时刻”。
这是一个工程师的一件事不能告诉你:如果有一个病毒在胡佛,或δ戴森的变体。
